متقابلا کاربرد علف کش ها می تواند با معایب و مشکلاتی نیز همراه باشد.برای استفاده از علف کش ها نیاز به اگاهی و دانش فنی کافی در کلیه زمینه های مربوطه می باشد.

از بین بردن رقابت و فراهم کردن زمینه ی مناسبتر برای رشد و توسعه ی انواعی از علفهای هرز که به هر علت توسط علف کش های مورد استفاده کنترل نشوند،می تواند به عنوان یکی از مشکلات کاربرد علف کش ها در زراعت گندم مطرح باشد.

پدیده بروز مقاومت در علف های هرز نسبت به علف کش ها که طی سال های اخیر در بسیاری از نقاط جهان به صورت یک معضل و در واقع عامل محدود کننده در استفاده از علف کش ها درامده است بنابراین چنانچه با مواردی از قبیل عدم توانایی یک علف کش در کنترل یک نوع علف هرز برخورد شود که قبلا ان را با همان میزان مصرف به خوبی کنترل می کرده باید درباره ی امکان بروزپدیده ی مقاومت  بررسی به عمل اید.

منبع:نشریه ی  سازمان تحقیقات و اموزش کشاورزی