ساختار این گیاهان به شکلی است که آنها را قادر می سازد تا در آب زندگی کنند. شناسایی درست علفهای هرز آبزی اهمیت بسیار زیادی در کنترل آنها دارد. علفهای هرز آبزی به 4 گروه تقسیم می شوند:

1-   علفهای هرز برآمده از آب

2-   علفهای هرز غوطه ور در آب

3-   علفهای هرز شناور در آب

4-   جلبکها

1- علفهای هرزبر آمده از آب یا مانداب زی: این گیاهان هرز ، گیاهان حاشیه ای نیز نامیده می شوند و بیشتر مردابی هستند و در کنار تالابها و آبراهه ها دیده می شوند. اندام های هوایی این گیاهان راست است و با رشد بلند و در بالای سطح خاک رویش می کند ولی ریشه های آنها همیشه در بخش مرطوب خاک قرار دارد. در حالت طبیعی وجود این گیاهان برای زیستگاه های آبی مفید و حیاتی است و بطور کلی محل تخمگذاری و رشد اولیه را برای ماهیان فراهم میکنند. هم چنین آنها پوشش و حفاظ لازم را برای سایر موجودات فراهم می نمایند و در تصفیه آب به ویژه در زمین های مرطوب نقش مهمی به عهده دارند.

برخی از این نمونه علف های هرز آبزی عبارتند از : نی یا نی قلم ، نی لویی ، بارهنگ آبی یا قاشق واش ، تیر کمان آبی یا پیکان آبی.

2- علفهای هرز غوطه ور در آب: این گیاهان بطور کلی در زیر آب رشد می کنند ولی ممکن است چند برگ با ساقه شناور در روی آب نیز داشته باشند.

نمونه هایی از این گیاهان عبارتند از : گوشاب ، علف مرداب ، کرفس آبی یا باتلاقی و زنبق آبی یا مردابی.

3- علفهای هرز شناور در آب: اندام های هوایی این گیاهان در سطح آب شناور است ولی ریشه های آن ها در درون آب به صو رت آزاد و آویزان است ولی در برخی اوقات به ته آبهای کم عمق نیز می چسبند. بیشتر علفهای هرز شناور به صورت آزاد هستند مانند عدسک آبی ، لاله مردابی سفید و سنبل آبی. برخی از علفهای هرز شناور ممکن است به ته رسوبات بچسبند مانند ستاره آبی یا شوید آبی.

4- جلبکها: انواع زیادی از جلبکها در دریاچه ها و آبگیرها وجود دارند و ممکن است مشکلات زیادی را در ارتباط با شنا کردن به وجود آورند. جلبکها مهمترین گیاهان مزاحم در کشتهای آبی و حوضچه های پرورش ماهی هستند. برخی از انواع جلبکها موادی را تولید می کنند که موجب ایجاد بوی بد در گوشت ماهی می شود. شکل و اندازه جلبکها می تواند از انواع تک سلولی و چند سلولی میکروسکوپی تا جلبکهای رشته ای و منشعب که شبیه علفهای هرز غوطه ور هستند تغییر کند. جلبکها بر خلاف سایر گروه های گیاهان آبزی ، گل و بذر تولید نمی کنند. اندام های هوایی این گیاهان در سطح آب شناور است ولی ریشه های آنها در درون آب به صورت آزاد و اویزان است و یا برخی اوقات به ته آبهای کم عمق می چسبند. جلبکها شامل سه گروه جلبکهای پلانکتونی ، جلبکهای رشته ای یا خزه مانند و جلبکهای ریزویید دار هستند.