آب و فاضلاب:

-         تصفیه آب برای مصارف شهری و صنعتی (سیستم ها و فرآیندها)

-         تصفیه فاضلاب شهری و صنعتی

-         راهبری تصفیه خانه های آب و فاضلاب شهری و صنعتی

-         مدیریت کاهش آلودگی آبهای سطحی و زیرزمینی

-         استانداردهای کیفی آلودگی آب (حدود مجاز آلاینده های خطرناک)

-         استانداردهای کیفی پساب های تصفیه شده

-         تصفیه (تثبیت) لجن های حاصل از تصفیه آب و فاضلاب

-         دفع و استفاده مجدد از پساب

-         دفع و استفاده مجدد از لجن

خاک و پسماند:

-         شناسایی و پایش آلاینده های خاک

-         حذف آلاینده های خاک با استفاده از فناوری های فیزیکی، شیمیایی و میکروبیولوژیکی، حرارتی و ...

-         استانداردهای حد مجاز آلاینده ها در خاک

-         مدیریت پسماند (جمع آوری، کاهش از مبداء، دفع، دفن، بازیافت، کمپوست و ... )

-         مکان یابی، طراحی و اجرای محل دفن بهداشتی و مهندسی پسماندها (لندفیل)

-         زباله سوزی و پسماندهای ویژه

هوا و صوت:

-         پایش و کنترل آلاینده های خروجی از منابع ثابت و سیار

-         شناسایی و کنترل آلودگی های صوتی و الکترومغناطیسی

-         شناسایی و پایش آلاینده های هوای شهری و صنعتی

-         استانداردهای کیفیت هوای شهری و محیط کار

-         ارائه و بررسی طرحهای جامع کاهش آلودگی هوا

-         مدل سازی انتشار آلودگی هوا از منابع ثابت و متحرک

محورهای ویژه:

-         فن آوریهای نوین مهندسی محیط زیست در پایش و حذف آلاینده های محیط زیست

-         به کارگیری نانوتکنولوژی در فیلتراسیون فاضلاب های شهری و صنعتی (نانو فیلترها)

-         فن آوری های نوین کاهش و حذف گازهای آلاینده و ذرات خروجی از دودکش صنایع

-         کاربرد GIS در شناسایی و پهنه بندی آلاینده های زیست محیطی

-         کاربرد سنجش از دور در شناسایی و پایش آلاینده ها

-         کاربرد بیوتکنولوژی در حفظ محیط زیست

-         روشهای مدیریت و کاهش آلاینده های آلی پایدار (POPs)

-         بررسی مدلهای ریاضی و نرم افزاری پخش آلاینده ها

-         کاربرد نرم افزارهای جدید زیست محیطی در پروژه های عمرانی و صنعتی

-         استانداردهای نوین آلاینده های خطرناک در منابع هوا، آب و خاک

-         زباله سوزهای بیمارستانی و صنعتی و راهکارهای راهبردی بهینه آنها

-         شناسایی و کنترل آلودگی های ناشی از معادن کشور

-         نقش مهندسی محیط زیست در انجام موثر مطالعات ارزیابی اثرات زیست محیطی طرحها (EIA)

-         محیط زیست و فناوری اطلاعات

-         محیط زیست و دولت الکترونیک

-         روشهای نهادینه سازی فرهنگ زیست محیطی

-         روشهای موثر آموزش مهندسی محیط زیست

-         ارزش گذاری اقتصادی عملکرد زیست محیطی صنعت

-         بهینه سازی مصرف انرژی و پیامدهای کاهش آلودگی